Il fondo di istituto è ben regolamentato nel CCNL 2006/2009, che all'art. 88 "Indennità e compensi a carico del fondo d'istituto" recita:
1. Le attività da retribuire, compatibilmente con le risorse finanziarie disponibili, sono quelle relative alle diverse esigenze didattiche, organizzative, di ricerca e di valutazione e alle aree di personale interno alla scuola, eventualmente prevedendo compensi anche in misura forfetaria, da definire in sede di contrattazione, in correlazione con il POF., su delibera del consiglio di circolo o d’istituto, il quale, a tal fine, acquisisce la delibera del collegio dei docenti. La ripartizione delle risorse del fondo, dovrà tenere conto anche con riferimento alle consistenze organiche delle aree, docenti ed ata, dei vari ordini e gradi di scuola eventualmente presenti nell'unità scolastica e delle diverse tipologie di attività (eda, scuola ospedaliera, carceraria, corsi serali, convitti).
Per gli insegnanti la finalizzazione delle risorse del presente articolo va prioritariamente orientata agli impegni didattici in termini di flessibilità, ore aggiuntive di insegnamento, di recupero e di potenziamento.
2. Con il fondo sono, altresì, retribuite:
a. Il particolare impegno professionale “in aula” [...]
b. le attività aggiuntive di insegnamento [...]
c. le ore aggiuntive prestate per l’attuazione dei corsi di recupero per gli alunni con debito formativo [...]
d. le attività aggiuntive funzionali all’insegnamento. Esse consistono nellosvolgimento di compiti relativi alla progettazione e alla produzione di materialiutili per la didattica [...]
f. i compensi da corrispondere al personale docente ed educativo, non più di due unità, della cui collaborazione il Dirigente scolastico intende avvalersi nello svolgimento delle proprie funzioni organizzative e gestionali [...]
[...]
k. compensi per il personale docente, educativo ed ATA per ogni altra attività deliberata dal consiglio di circolo o d’istituto nell’ambito del POF;
l. particolari impegni connessi alla valutazione degli alunni.
È quindi chiaro, ma forse spesso disatteso, che le attività da retribuire con il FIS sono definite con delibera del Consiglio di Istituto, cui competono le scelte di indirizzo della scuola contenute nel POF, nel quale ambito le attività devono in ogni caso riferirsi.
Alla RSU compete invece, ai sensi dell’art. 6 lettera l) del CCNL "Relazioni a livello di istituzione scolastica", contrattare con il Dirigente scolastico (tra le altre materie):
l) i criteri per la ripartizione delle risorse del fondo d'istituto e per l'attribuzione dei compensi accessori, ai sensi dell’art. 45, comma 1, del D.Lgs. n. 165/2001, al personale docente, educativo ed ATA, compresi i compensi relativi ai progetti nazionali e comunitari.
La RSU quindi non può entrare nel merito delle attività da retribuire, perché queste sono definite con apposita delibera del Consiglio di Istituto.
È illegittima solo una eventuale previsione di specifica indennità al docente vicario, la cui collaborazione con il Dirigente scolastico va invece riconosciuta in modo adeguato all’interno del FIS (se poi il vicario ha l’esonero dal servizio si pone la questione dell’orario che deve svolgere, ma questa è già un’altra storia...).